Президент Республики Арцах Бако Саакян подписал указ, согласно которому Эмиль Бабаян назначен советником президента Арцаха.
18 октября 2016 года Эмиль Бабаян указом Сержа Саргсяна был освобожден от должности заместителя генерального прокурора Армении.